25 декабря 1994 г. в органах юстиции РК была произведена регистрация прихода во имя святых первоверховных апостолов Петра и
Павла. А через небольшой промежуток времени, 15 февраля 1995 года, по благословению архиепископа Алма-Атинского и Семипалатинского Алексия в молельном доме, состоящем из одной просторной комнаты на праздник Сретения Господня было совершено первое богослужение.
Благое начинание не могло остаться незамеченным и через пару месяцев с момента первой службы просторная комната перестала вмещать всех желающих, во время богослужений мест не хватало. 
Встал вопрос о расширении. Собрав с миру по нитке, пожертвования со всех сторон света, было принято решение купить домик, выставленный на продажу совсем недалеко. Так у общины Петропавловского прихода появился знакомый ныне всем участок под храм на улице Центральной.
Общими усилиями под чутким руководством настоятеля храма протоиерея Владимира Шкляр в течение последующего времени небольшой домик стал преобразовываться в храм. Чуть позже во дворе был установлен вагончик, который поначалу служил и местом учебы для ребят из церковно-приходской школы, и библиотекой, и ризничной.
10 августа 1998 года на праздник Смоленской иконы Божией Матери состоялось долгожданное и значимое для прихода событие. При стечении большого количества людей владыка Алексий архиепископ Алматинский и Семипалатинский освятил новый храм. Для всего прихода этот день стал днем ликования.
Тем же летом 1998 года стали строить и здание, которое распределили под трапезную для приема гостей, классы воскресной школы и прочие складские и подсобные помещения.
Значимым событием в жизни прихода стало принесение частицы мощей святого апостола Павла в 2001 году иеромонахом Амфилохием (Бондаренко) благочинным
Усть-Каменогорского церковного округа, настоятелем Покровского храма г. Усть-Каменогорска (ныне епископ Усть-Каменогорский и Семипалатинский). А спустя 11 лет, в 2012 году нынешним Главой Митрополичьего Округа в Республике Казахстан, митрополитом Астанайским и Казахстанским Александром в дар храму для молитвенного поклонения были переданы и мощи святого апостола Петра. Таким образом, под куполом храма произошло воссоединение его святых покровителей.
В середине 2000-х годов полюбившийся всеми храм на ул. Центральной, напоминающий издали корабль или
Ноев ковчег посреди безбрежного моря, окрашенный в безмятежные голубые тона и увенчанный позолоченным куполом, с трудом стал вмещать всех желающих. Как и десятилетие назад встал вопрос о его реконструкции. И 12 июля 2009 года на праздник святых первоверховных апостолов Петра и Павла митрополитом Мефодием, возглавлявшим на то время Астанайскую кафедру, была благословлена реконструкция храма.
Сегодня можно увидеть результаты этой реконструкции, храм преобразился. Небольшое здание храма превратилось в величественное сооружение, включающее в себя два придела, а также нижнюю крестильную церковь.
«Несмотря на свой молодой возраст, Петропавловский храм стал одним из значимых духовных центров Алма-Аты, в котором возносится молитва к Престолу 
Божию, ведется активная духовно-просветительская деятельность, развивается молодежное и социальное служение.» - из обращения митрополита Астанайского и Казахстанского Александра.
